慈濟小學合唱團成立於民國96年，經王穆之老師、黃惠婉老師及陳映均老師指導，現由許淑貞老師擔任指揮，吳怡恩老師擔任伴奏。目前團員有58人，分成A、B兩團，團練時間為週四、五早自修、週三下午及寒暑訓，每次練習會從暖身活動、呼吸、發聲等最基本的訓練教起，循序漸進到歌曲練唱，詮釋樂曲，學生不只是自己會唱，還要能跟別人和聲，更要從歌聲中領略合唱的優美與感動。唱歌的孩子不會變壞，每當學生練習後，還邊走邊哼唱，快樂與歡喜全寫在臉上，令人感受到音樂帶給孩子們的幸福，這也是合唱團成立的目的。合唱團每年除了參加台南市音樂比賽、鄉土歌謠比賽及兒歌童謠比賽外，也積極參加各項活動演出，如夏日音樂會及快閃活動等，除了讓各團有相互觀摩的機會，也提供一個自我展演的舞台，培養學生們上台的膽量和勇氣，並藉由歌聲將快樂與祝福帶給大家。